目前SaaS在中小企业推广应用的主要问题与瓶颈如下：

　　应用习惯与观念的问题。现在大多数企业用户可能还不习惯于每天通过上网方式来管理一个企业，尤其是企业一些老干部老领导，他们还是不习惯网上看阅公文、批发文件，仍沿用手工阅读、手工签写，没带头应用信息化，这使IT管理工具多半形同虚设。一些领导对SaaS这种信息化模式更是不解，使得CIO要做出更多的宣传、解释和推广工作。这就制约SaaS大规模普及。

　　安全与诚信问题。目前，国家在电子交易的法律保障、支付信用、货物配送、网络安全等方面建设普遍有待完善，企业和SaaS软件服务商之间的诚信度还不够，企业一直感到比较担心的问题是“我的账交给服务中心管，中心人员会按照什么责任来管，病毒会不会侵害，商业数据放在那安全吗?处理起来灵活吗?”等。所以企业对软件运营服务商的信任如何，是否愿意把数据交给服务商，这是一个亟待解决的问题。因此在经济与安全之间如何权衡上，CIO一定要拿捏好，为企业把好第一关。

　　需求、服务个性化的问题。标准化、通用化是成熟软件的标志，但是对过于严谨生硬、千篇一律的SaaS标准模式，面对成千上万的中小企业服务个性化、多样化的要求却显得有些无能为力，难于适应企业特色化、个性化的需求，而强调个性化却加重企业开发成本，造成供求双方不对称。这不同于以往的单版软件，给CIO选型提出新要求和挑战。

　　成熟度与稳定性的问题。目前SaaS产品大都处于初级阶段，产品的成熟度、稳定性尚不足。尽管所有软件都可能适合SaaS模式，但软件商所能推出的真正适合SaaS模式的软件产品却不多，产品看起来很美，但有时中看不中用，存在着应用过程管控难、稳定性不够、实效并无想象好等问题，长期运行起来，问题与矛盾还将不少。比如企业运营不能因为网络的中断或SAAS主机被宕掉而停摆，网络平台必须保证网络724小时安全可用。但网络不稳定性的变数多，且掌握在服务商手上的东西，不是企业所能完全控制的，风险高安全低。因此稳定性也是CIO头痛的问题。